然而，亨廷顿很快发现，民主化对美国未必是一件有利的事情。尽管共产主义不再成为发展中国家民选政府的选项，但这并不意味着民主化的结果就是美国化或者亲美化，相反，“非西方社会对西方民主体制的采用鼓励了本土主义的和反西方的政治运动，并使它们能获得权力。”“竞选可能导致反西方的民族主义者和原教旨主义者上台执政”。与此同时，在美国国内，“冷战后新保守主义大肆推进民主的主张并未引起民众的共鸣”。这促使亨廷顿开始思考这样两个问题：第一，美国化为何对发展中国家不再具有吸引力？第二，如果美国大多数人民不关心自由民主的命运，那美国信条是否还足以作为民族凝聚力的基础？

经过深入思考，亨廷顿发现，在后冷战时代，美国霸权和国家利益遇到了前所未有的新挑战。首先，冷战后，美国因为一超独大在全世界各国包括传统盟友国家都激起了恐惧、愤慨和嫉妒的情绪，在许多国家眼里，美国正变成一个超级无赖大国，这将使美国变成一个孤独的超级大国。其次，美国虽然一超独大，但霸权却在衰落，新的世界权力结构正在出现，呈现超级大国-地区性大国-次地区性大国的“单-多级”体系。在这个体系中，地区性大国致力于建立一个多级世界。最后，美国国内对国家利益缺乏共识，外交政策被国内的、跨国的商业利益与非国家的种族利益主导。与此同时，美国国内的移民问题、种族问题、精英阶层的“非国家化”和“达沃斯现象”等问题威胁着美国人的国民身份认同，在美国最需要凝聚力的时刻，精英主导的多元文化主义却在谴责同化，挑战美国信念，宣扬以种族、民族、性别、性取向等界定的群体权利取代自由主义的个人权利。面对新时代的新挑战，亨廷顿认为美国需要做到两件事：第一，重新设立假想敌，这是美国对内凝聚共识，对外团结盟友的基础；第二，对世界上的地区大国和次地区大国采取分化瓦解的战略，既要阻止地区霸权联合抗衡美国霸权，又要联合次地区大国遏制地区大国的发展。如何做到这两点？亨廷顿的“文明冲突论”应运而生。

《文明的冲突与世界秩序的重建》是亨廷顿继《变化社会中的政治秩序》后最有影响力的作品。他自称建构了理解后冷战时期国际政治格局的新范式。在这个范式中，亨廷顿直面美国霸权衰落的事实，试图给美国建立一个以文明的基础的最广泛、最牢固的统一战线。他将世界上各个民族国家划归为七个文明圈，分别是：西方文明、中华文明、日本文明、印度文明、伊斯兰文明、东正教文明、拉丁美洲文明。声称后冷战时代是意识形态退场，文明出场的时代，非西方国家现代化没有带来西方化，反而增强了本土文明的自信，“西方所造成的文明间的政治思想冲突正在被文明间的文化和宗教冲突所取代”。确立文明冲突论后，他又把这七个文明一分为二，“世界在某种意义上是一分为二的，主要的区分存在于迄今占统治地位的西方文明和其他文明之间，然而，其他文明之间几乎没有任何共同之处。简言之，世界是划分为一个统一的西方和一个由许多部分组成的非西方”经过亨廷顿的阐释，西方变成了一个没有冲突的统一体，而西方的对手，不是一个整体的东方，而是一个分裂的非西方。亨廷顿强调，尽管美国作为一超霸权与欧洲地区强国法国、德国有冲突，但因为同属于西方文明，他们之间是一个利益共同体，彼此之间应该“加强政治、经济和军事一体化，协调政策，以防止属于其他文明的国家利用他们之间的分歧”。美国作为西方文明的领导者，不应在西方文明内部制造冲突，应该“采取与欧洲伙伴紧密合作的大西洋主义政策，保护和促进大家共同拥有的、独一无二的文明的利益和价值观”，“保持西方技术和军事力量相对于其他文明的优势”。

建立了西方文明统一战线之后，亨廷顿还为西方文明重设了后冷战时期的假想敌。他将非西方文明分为挑战者文明和非挑战者文明。中华文明和伊斯兰文明“拥有与西方极为不同的伟大的文化传统，并自认为其传统较西方的优越。在与西方的关系中，随着其实力和自我伸张性的增强，它们与西方在价值观念和利益方面的冲突日益增多和加剧”，因此，属于挑战者文明。但由于伊斯兰文明缺少一个核心国家，组织涣散，最终构成西方文明挑战者的只有中华文明。亨廷顿强调，软实力是建立在硬实力基础之上的，只有中国这种天生具有现代理性和高度组织性的文明真正有能力在经济、政治、军事实力上构成对西方文明的挑战。他评论说：“美国和中国几乎在所有重大政策问题上都没有共同的目标，两国的分歧是全面的”。“一个在文化、政治和经济上与美国紧密联系在一起的松散的西欧联盟，不会对美国的安全构成威胁，但是一个统一的、强大的和自我伸张的中国可能构成这种威胁”。“如果中国的经济发展再持续10年，如果中国在权力交接期能够保持统一，那么东亚国家和整个世界就必须对人类历史上这个最大参与者越来越强的自我伸张作出反应”。

亨廷顿将中国和伊斯兰国家看作假想敌展现了一种施密特式的敌友政治观，这种政治观认为分清敌友是政治的首要问题。“如果没有真正的敌人，也就没有真正的朋友。除非我们憎恨非我族类。我们便不能爱我族类”。敌友政治观是一种危机政治观，民族生存问题是这种政治观的核心关怀。

从第一部作品《士兵与国家》到最后一部作品《我们是谁》，可以说亨廷顿所有研究都指向一个出发点，那就是：美国如何在现实世界的生存斗争中永久立于不败之地。他的研究随着历史情境的转换不断地变换着主题，到了1990年代中后期，亨廷顿已经清晰地看到美国霸权已呈衰落之势。这种危机感使亨廷顿曾经潜藏于文本之后的隐白呈于纸面，他急切地希望为美国面临的国内外挑战提供分析和解决方案。他的基本判断是：非西方文明在崛起，西方文明在衰落。在这种情境下，亨廷顿认为西方文明应该对外处于守势，对内走向强势。

在《文明的冲突与世界秩序的重建》一书的结尾，亨廷顿对在外推行普世主义，在内推行多元主义的自由主义内政外交政策进行了批评，他认为应该反过来，对内实行文化一元论，对外实行文化多元论。他评论说：多元文化的世界是不可避免的，因为建立全球帝国是不可能的。维护美国和西方，就需要重建西方认同；维护世界安全，则需要接受全球的多元文化性。与对外实行多元文化论不同的是，亨廷顿对内主张一元文化论，“一个多元文化的美国是不可能的，因为非西方的美国便不成其为美国。”。当文明冲突论转向美国内部问题时，亨廷顿担忧外部多元文明会与美国内部的多元文化主义互相渗透，在美国内部瓦解少数族裔对美国的国家认同。

早在《民主的危机》和《美国政治》两本书中，亨廷顿就开始批评多元文化主义对美国内聚力的侵蚀，但那时有苏联这一强大对手存在，他没有将多元文化主义上升到危害国家认同的高度。冷战结束之后，亨廷顿并没有像福山一样欢呼历史的终结，相反，在他看来，“从一开始，美国就是通过他者建构自身共同体信念的”。对立面意识形态的消失，反而给以美国信念为基础的自由主义意识形态带来了危机。亨廷顿认为，“如果历史的终结、民主在全球的胜利真的发生，那很可能对美国是最令人不快、令人不安的事件”。“考虑到美国国内异质性、多样性、文化多元主义、人种和种族的分化力量非常强大，美国比大多数国家更需要一个对立面的他者去维持自身的团结”。基于对美国政治制度和政治文化缺乏内聚力的了解，亨廷顿对美国人自己就国内各种理念、种族、阶级冲突达成共识缺乏信心，因此，他寄希望于通过外部挑战去激活内部团结。

2006年，亨廷顿出版了他此生最后一部专著《谁是美国人——美国国民特性面临的挑战》，系统评估了多元文化主义和移民类型变化对美国信念及其基础盎格鲁—新教文化的冲击。他修正了自己在《美国政治》一书中提出的美国信念立国论，认为如果美国放弃了盎格鲁—新教文化的主导地位，作为意识形态的美国信念是有可能被边缘化的，那时候，美国就不再是美国了。如何避免盎格鲁—新教文化主体地位的丧失？亨廷顿指出，问题不在美国大众，美国大众是爱国的，他们相比精英更有国家意识、文化意识、民族意识。但美国的精英与大众之间存在严重的精神和利益断裂，精英利益的全球化和集团化使他们漠视大众的国家主义需求，在精英眼中，“民族主义是邪恶的，国家特性是可疑的，爱国主义是陈腐的”他们用多元文化主义不停地解构美国的核心文化，这场解构与反解构之战结果如何，“很大程度上取决于美国本土是否反复遭受恐怖主义的袭击，以及美国是否不得不在海外与自己的敌人作战”。 “如果没有反复的外敌袭击，在经济全球化的根本力量作用之下，精英人士非国籍化的趋势就很可能还会继续”。

由于亨廷顿将外敌看作激活美国精英国家意识的前提，谁是美国人的问题就变成了谁是美国敌人的问题。谁是美国的敌人呢？亨廷顿指出，美国的敌人“是意识形态上与己为敌，种族上和文化上与己不同，军事上又强大到足以对美国的安全构成可信的威胁”，从长远来看，这个敌人只能是中国。鉴于中国在亨廷顿著述的时期还没有强大到构成美国的威胁，亨廷顿建议美国应该在外交上收缩战线，不要四面树敌，就美国国家利益而言，美国没有理由卷入世界大部分地区的大多数问题。“现实的美国决策越是自我克制，将越有助于时机成熟时美国采取积极做法以重新获得国民认同，以便追求全国人民愿意以生命、财富及国家荣誉感来捍卫的美国国家利益”。一旦那一天到来，美国的民族主义就会被外力激活，美国就可以借强势民族主义整合内部力量，消解多元文化主义，巩固恢复盎格鲁—新教文化作为美国主体文化的地位，从而避免苏联在经济、意识形态衰落时解体的命运。