2000年2月4日，老普里马科夫宣布退出总统竞选，在解释退出总统竞选原因时，他含蓄地说，俄罗斯距离真正的民主还很远，而且这一状况在几个月内不会发生根本改变。

俄罗斯有传言说，老普里马科夫之所以退出选举，是由于与普京在车臣问题上政见不合、叶利钦家族利用普京对其进行打压，以及军方和强力部门更多支持普京强硬路线的结果。还有俄罗斯媒体披露，普京在1998年8月与叶利钦在一次谈判中承诺他将保护叶利钦家族免受政治、司法的迫害，并与老普里马科夫斗争到底。他们称，老普里马科夫想将联邦安全局掌控在自己的手中，是普京阻止了他。

但如果考虑到老普里马科夫在克格勃系统的超高威望、考虑到普京执政后在一系列重大问题上与老普里马科夫政策主张不谋而合等现实，就不能不对这些传言保持强烈质疑。更有可能的是，在叶利钦执政末期俄罗斯政坛跌宕、国家风雨飘摇之际，俄罗斯的“深层国家”特别是克格勃精英们选中了普京并将他推上了总统宝座，而老普里马科夫在其中发挥了至关重要的作用。

老普里马科夫与普京

2000年5月，普京正式就任俄罗斯总统。7月，老普里马科夫被任命为俄罗斯处理德涅斯特河地区问题委员会主席。2001年9月3日，他辞去“祖国-全俄罗斯”运动杜马议会党团领导人职务，出任俄罗斯工商会主席，直到2010年。

2015年6月26日，老普里马科夫因病去世，享年86岁。6月30日，他的遗体告别仪式和葬礼在莫斯科工会大厦圆柱大厅举行，普京亲自参加并在悼词中盛赞“他是我们国家的伟大公民。”之后，全俄东正教大牧首基里尔主持了在莫斯科新圣女修道院举行的安魂祈祷,老普里马科夫被安葬在新圣女公墓。

普京与小普里马科夫：在老普里马科夫的葬礼上

2019年10月29日，老普里马科夫的青铜雕像揭幕仪式在莫斯科举行。普京出席仪式并表示，普里马科夫是难得的人才，他拥有高度的职业素养，丰富的管理经验和广阔的视野，能够胜任复杂工作和承担重大责任。可以说，老普里马科夫一直是普京的盟友和值得信赖的顾问。